La formation est fondée sur des méthodes pédagogiques différenciées, qui se déploient tant au sein des universités partenaires qu'à l'extérieur : cours magistraux, cours dialogués, séminaires de recherche, participation à des journées d'études, mais aussi projets coopératifs, stages professionnels, enquêtes de terrain et mémoire de recherche. Des initiatives telles que des semaines de découverte professionnelle et d'initation à l'enquête scientifique, des collaborations sur des projets de recherche menés par les partenaires et des Universités d'été en Belgique (ULB), en Grèce (Université de l'Egée) et en Espagne (Université de Grenade) enrichissent cette expérience pédagogique. 

L'été entre les semestres 2 et 3 peut être consacré à l'une de nos trois Universités d'été : "Odysseus : Droit et politique de l'immigration et de l'asile de l'UE" proposée par l'Université Libre de Bruxelles, "GovArt" (l'art de gouverner) consacrée à la politique migratoire et d'asile et aux frontières en droit international et européen, et proposée par l'Université de l'Egée sous l'égide d'une chaire européenne Jean-Monnet (voire la brochure ci-desous). Une université d'été est également proposée par l'université de Grenade, MISSCHO - Migration Studies PhD Summer School.