Au semestre 1, l’édition est divisée entre le campus de l’Université Libre de Bruxelles (parcours anglophone) et celui de l’Université de Lille (parcours francophone). Le semestre 1 met l’accent sur les connaissances théoriques généralistes en sciences sociales appliquées au domaine des migrations. Les cours de méthode, quant à eux, entendent donner aux étudiants, un socle commun en termes de pratiques des sciences sociales (construction de l'objet, préparation du terrain, choix des méthodes d'enquête, traitement des données, rédaction de l’argument, usages des sciences sociales hors du cadre universitaire, etc.). Des cours de langues complètent la formation. Les personnels de MITRA conseillent les étudiants pour leur choix de mobilité aux S2, S3 et S4. Le choix de mobilité pour le S2 est arrêté à la fin du mois d’octobre du S1.

Au semestre 2, les étudiants se déplacent vers l’Europe centrale et orientale en choisissant d’aller soit à l’Université de Wroclaw (Pologne), à l’Université Babeş-Bolyai de Cluj (Roumanie) ou à Károli Gáspár Református Egyetem (Hongrie). Le choix de l’une ou l’autre université se fait selon la spécialité scientifique de chacune : sociologie à Wroclaw, science politique à Cluj et sociologie et droit à Károli Gáspár Református Egyetem. Afin de compléter le travail effectué au S1, la formation théorique est poursuivie pendant le semestre 2, mais l’accent est désormais mis sur la méthodologie des sciences sociales à laquelle davantage d’heures est consacrée. L’enseignement des langues et des cultures locales reste obligatoire, comme le veut l’esprit du master MITRA. En mai du S2, les étudiants doivent avoir choisi leur destination du S3, leur spécialité de deuxième année:  spécialité recherche ou spécialité professionnelle.

L’été entre les semestres 2 et 3 peut être consacré à l’une de nos tris Universités d’été : « Odysseus : Droit et politique de l’immigration et de l’asile de l’UE » proposée par l’Université Libre de Bruxelles, « GovArt » (l’art de gouverner) consacrée à la politique migratoire et d’asile et aux frontières en droit international et européen, et proposée par l’Université de l’Égée, ou bien l’Université d’été proposée par l'Université de Grenade, MISSCHO – Migration Studies PhD Summer School. 

Au semestre 3, l’édition se répartie entre les 6 autres universités du consortium (trois en Europe et trois hors d’Europe) : l’Université de Grenade, University College Cork, l’Université de l’Égée, l’Université Galatasaray, l’Université Cheikh Anta Diop et l’Université fédérale de Rio de Janeiro. Quelle que soit la spécialité choisie (recherche ou professionnelle), les étudiants peuvent se rendre dans n’importe laquelle de ces universités. Ce semestre est caractérisé : pour les étudiants de la spécialité professionnelle, par la réalisation du stage professionnel de longue durée (3 mois) et des recherches pour le plaidoyer appuyé sur une note de synthèse scientifique; pour les étudiants de la spécialité recherche, par la réalisation du terrain de recherche (2 mois) et du stage professionnel de courte durée (1 mois).

Le semestre 4 peut se dérouler dans n’importe quelle université du consortium, selon le projet de formation de l’étudiant. La plus grande part du travail du S4 est constitué par plusieurs travaux de rédaction en vue de la diplomation finale.